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생명정보학 알고리즘



도서명 : 생명정보학 알고리즘
저자/출판사 : 미겔 로샤 , 페드로 페헤이라, 에이콘출판
쪽수 : 424쪽
출판일 : 2020-10-29
ISBN : 9791161754765
정가 : 40000

1장. 서문
1.1 들어가며
1.2 생명정보학이란?
1.3 책의 구성

2장. 파이썬 소개
2.1 파이썬의 특징
2.2 변수와 미리 정의된 함수
2.3 파이썬 코드 작성하기
2.4 파이썬 프로그램 개발
2.5 객체지향 프로그래밍
2.6 사전 정의된 클래스 및 메서드
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

3장. 세포 및 분자생물학의 기초
3.1 세포: 생명의 기본 단위
3.2 유전자 정보: 핵산
3.3 유전자: 유전 정보의 이산 단위
3.4 인간 유전체
3.5 생물 자원 및 데이터베이스
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제

4장. 생물학적 서열의 기본적 처리
4.1 생물학적 서열: 표현과 기본 알고리즘
4.2 전사와 역상보
4.3 번역
4.4 가능성 있는 유전자 찾기: 오픈 리딩 프레임
4.5 하나로 합체
4.6 생물학 서열의 클래스
4.7 바이오파이썬으로 서열 처리
4.8 바이오파이썬의 서열 주석 객체
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

5장. 서열 데이터에서 패턴 찾기
5.1 소개: 생명정보학에서 패턴 찾기의 중요성
5.2 고정된 패턴을 찾는 단순한 알고리즘
5.3 휴리스틱 알고리즘: 보이어-무어
5.4 결정적 유한 오토마타
5.5 정규표현식으로 유연한 패턴 찾기
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

6장. 쌍 서열 정렬
6.1 소개: 서열 비교와 서열 정렬
6.2 시각화 정렬: 점 도표
6.3 서열 정렬의 최적화 문제
6.4 전역 정렬을 위한 동적 프로그래밍 알고리즘
6.5 지역 정렬을 위한 동적 프로그래밍 알고리즘
6.6 서열 정렬의 특별한 경우
6.7 바이오파이썬을 활용한 쌍 서열 정렬
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

7장. 데이터베이스에서 유사한 서열 찾기
7.1 소개
7.2 BLAST 알고리즘과 프로그램
7.3 구현한 BLAST 이식
7.4 바이오파이썬을 통한 BLAST 사용
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

8장. 다중 서열 정렬
8.1 소개: 문제 정의와 복잡도
8.2 다중 서열 정렬의 알고리즘 최적화 클래스
8.3 점진적 정렬을 파이썬에서 구현
8.4 바이오파이썬으로 정렬 다루기
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

9장. 계통학 분석
9.1 소개: 문제 정의 및 연관성
9.2 계통학적 분석을 위한 알고리즘 클래스
9.3 파이썬으로 거리 기반 알고리즘 구현
9.4 계통학 분석을 위한 바이오파이썬
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

10장. 모티프 발견 알고리즘
10.1 소개: 문제 정의와 관련성
10.2 브루트 포스 알고리즘: 완전 탐색
10.3 분기 및 경계 알고리즘
10.4 휴리스틱 알고리즘
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

11장. 확률적 모티프와 알고리즘
11.1 확률 모티프 표현 및 검색
11.2 확률 알고리즘: 기댓값 최대화
11.3 모티프 발견을 위한 깁스 샘플링
11.4 바이오파이썬의 확률 모티프
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

12장. 은닉 마르코프 모델
12.1 소개: 은닉 마르코프 모델이란 무엇인가?
12.2 파이썬으로 알고리즘 구현
12.3 데이터베이스 검색을 위한 은닉 마르코프 모델
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

13장. 그래프: 개념과 알고리즘
13.1 그래프: 정의와 표현
13.2 파이썬 클래스 그래프
13.3 인접 노드와 차수
13.4 경로, 탐색, 거리
13.5 사이클
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

14장. 그래프와 생물학적 네트워크
14.1 소개
14.2 네트워크를 그래프로 표현
14.3 네트워크 위상 분석
14.4 대사작용 가능성 평가
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

15장. 게놈으로 리드 어셈블리: 그래프 기반 알고리즘
15.1 게놈 어셈블리 소개 및 관련한 도전들
15.2 오버랩 그래프와 해밀턴 사이클
15.3 드브루인 그래프와 오일러 경로
15.4 실제 게놈 어셈블리
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

16장. 참조 유전자 서열에 리드 어셈블리
16.1 소개: 서열 일치 문제의 정의와 응용법
16.2 패턴 전처리: 트라이
16.3 서열의 전처리: 접미사 트리
16.4 버로우즈 휠러 변환
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트

17장. 더 읽을거리
17.1 추천하는 생명정보학 서적
17.2 논문 및 학회
17.3 정규 교육 과정
17.4 온라인 교육 자료